精确3J耦合值,并展示了展开过程。 通过对动力学和热力学的综合分析,AI²BMD在蛋白质折叠自由能等方面表现出与实验数据的高度一致性,同时展现了与经典MD不同的现象。 蛋白质分片方法 蛋白质由20种氨基酸构成,每种氨基酸都有一个通用的主链由Cα、C、O、N和H组成和一个不同的侧链称为R基。 二肽是指在其N端和C端分别封端了Ace和Nme基团的氨基酸。鉴于氨基酸是蛋白质的基本单元,这些二肽便被作为分片的基本单元。 二肽的结构 该研究团队基于二肽设计了一种通用的蛋白质分片方法,并据此训练了AI²BMD势能函数,从而确保了对所有蛋白质的泛化能力。
在该方法中,采用滑动窗口技术对
多肽链进行切割,因此Ace-Nme片段充当两 个相邻二肽之间重叠区域。 对于多肽链的末端Cα原子,会根据其连接的C-H键长和Cα的连接方向,为其添加额 卡塔尔电报数据 外的氢原子。如果第一个或最后一个氨基酸是甘氨酸,则仅根据C–H键长添加一个连接到Cα的氢原子。如果下一个氨基酸是脯氨酸,则还根据N–H键长添加一个连接到N的氢原子,其中该N与Cδ相连。 然后,为了精确调整氢原子的位置,采用有限记忆Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno拟牛顿算法来优化添加的氢原子的位置。其它部分则保持不变。 通过蛋白质分片方法,所有蛋白质可以转换为21种蛋白质单元即20种二肽和1个Ace-Nme,这大幅减少了蛋白质单元的特定类型数量,便于数据集构建和模型训练,帮助探索完整的构象空间,避免了势能面上的空白区域,从而提升了MD模拟的泛化性、效率和稳健性。 蛋白质单元数据集 AI²BMD蛋白质单元数据集的生成过程涉及对蛋白质的基本结构单元——二肽——进行全面的构象采样。
首先,生成了初始的20种二肽
和1个Ace-Nme单元,并通过旋转关键化学键称为二面角来捕 哪些组织需要接受强制审计 获不同的分子形态。 每一种构型经过几何优化,确保结构合理后用于后续的从头算分子动力学AIMD模拟。 在模拟中,研究人员采集了大量的分子形态,并重新计算每种构型的能量和作用力,以用于机器学习模型的训练。 整个数据集涵盖了约2000万个构象,全面捕获了蛋白质单元的构象空间,为AI²BMD提供了可靠的数据支持,以实现高效而准确的分子模拟。 ViSNet作为AI²BMD的势函数 ViSNet是一种通用的几何深度学习模型,能够以原子坐标和原子序数为输入,预测势能、原子力以及多种量子化学性质。 如上图a中所示,ViSNet模型由一个嵌入块和多个堆叠的ViSNet块组成,最后接一个输出块。原子序数和坐标输政府为企业提供良好的反腐败协助,促进企业透明化运行,促进制定企业员工职业操守准则,为企业提供良好的审计服务。未来,我们希望互联网巨头们的反腐力度继续加强,从而让“蛀虫”越来越少。 本文来自微信公众号“科技旋涡”,作者:元时文化 贾桂鹏,36氪经授权发布。 该文观点仅代表作者本人,36氪平台仅提供信息存储空间服务。 品牌专题 登顶国内线上第一,参半会成为新的牙膏之王吗? 晓曦 ·2024-11-06 15:09 你对牙膏有过研究么? 文|耳山 中国的牙膏市场,很长时间内都被云南白
药、好来、高露洁、佳洁士等传统国货、外资巨头占据。鲜有新入 ca 手机号码所 局者能搅动巨头林立的牙膏市场。 但随着90后、00后成为新消费主力,以及牙膏行业线上渠道占比提升,中国的牙膏市场竞争格局正发生翻天覆地的变化。 据尼尔森数据显示,中国牙膏市场全渠道年销售额已达343亿元,线上渠道贡献率已近四成。其中,在2023年Q3至2024年Q1中国线上牙膏市场份额排名中,参半口腔以8.5%市场份额跃居第一。 这个成立6年多的新消费品牌,最初在2020年以漱口水切入口腔护理赛道,曾凭借益生菌“不辣口”漱口水在行业崭露头脚。、B轮融资,参投方包括创新